En el primer semestre de 2011 el equipo no tuvo un buen rendimiento en el Estadio Alfonso López y perdió todos los partidos que disputó de visitante, llegando a ser goleado en tres ocasiones, lo que no había ocurrido nunca durante su permanencia en la Categoría Primera B. Al final de la fecha 12 el Atlético Bucaramanga había caído hasta el puesto 12 de la reclasificación y al último lugar del hexagonal regional de la Copa Colombia, nueva camiseta del valencia por lo que periodistas y aficionados pidieron la salida del técnico Fernando Velasco como solución a la crisis del plantel. En el tramo final de campeonato, enlazaron tres victorias, aunque llegarían a la última fecha sin posibilidades de ganar el Clausura. Campeonato de Primera A, relegando sus posibilidades casi desde el inicio de estas. Víctor Luna desarmó el equipo, despidiendo a casi todos los jugadores experimentados del equipo y enfrentando el final del torneo con jugadores juveniles, lo que llevó a que al final el club se ubicará en el puesto 15 de la reclasificación y en el último lugar en la tabla del descenso, con 126 puntos,el equipo leopardo descendió el día domingo 16 de noviembre de 2008 perdiendo 3-0 ante el equipo Deportivo Pereira en la última fecha del todos contra todos este partido era definitivo ya que el equipo que perdiera bajaría de forma directa al torneo de ascenso, debiendo jugar la temporada 2009 en la Categoría Primera B el partido fue en el Estadio Hernán Ramírez Villegas.
En el último partido de la fecha triple, se enfrentaron a la selección brasileña, volviendo a caer por 2-0, culminando en el séptimo lugar con 8 puntos. El campeonato 2009 de la Primera B se jugó en dos fases, en el primer semestre del año el Atlético Bucaramanga realizó una gran temporada ganando una gran cantidad de partidos en el Estadio Alfonso López y en otras plazas terminando en el primer lugar al final de la fase de nonagonales con 41 puntos en 18 partidos, correspondiéndole enfrentar en las finales a Deportivo Rionegro, Cortuluá, y Deportes Palmira con resultados desastrosos. Aprendimos el tendido de las líneas férreas, a abrir túneles y construir puentes, carreteras, puentes, diques y faros, a excavar pozos artesanos, a alzar casas de muchos pisos, a producir electricidad y tender sus cables, a alumbrar con ella ciudades y aldeas, la circulación de vehículos públicos por las urbes y sus suburbios, a instalar el nuevo correo, la telegrafía y el telégrafo sin hilos, submarino y por radio, la organización de las ciudades y los ayuntamientos, a abrir calles y plazas, a pavimentar los caminos y superar las cuestas, a llevar las aguas limpias por canalizaciones y fuentes, a desecar las zonas pantanosas, a aligerar las epidemias de enfermedades oculares que dejaban ciegas a muchas gentes, tomamos prestadas las bases del ejército, el sistema de buques de vapor, el establecimiento de negociados, el método de recaudación y la administración de pagadurías públicas y de aduanas.
Fue fichado por Club Atlético Independiente, donde hizo las divisiones inferiores. El Real Murcia de Baloncesto surge el 22 de agosto de 2017, tras adquirir, por parte de Raúl Moro, el anteriormente conocido como CB Myrtia, este club adoptó el nombre, escudo y equipación del Real Murcia. En 2006, el 16 de diciembre, se inauguró la nueva cancha sintética del Estadio Alfonso López y para ello se organizó un partido amistoso con el Club Olimpia de Paraguay. Esta época, es la más complicada en la historia del Club por la permanencia prolongada en la Primera B y la ausencia de resultados deportivos de notoriedad incluso en esta división que aseguran la permanencia del Atlético Bucaramanga en esta categoría, al menos hasta diciembre de 2012; por lo que en reiteradas ocasiones la comunidad deportiva de Santander, le ha solicitado al presidente del equipo que no continue al frente de la Institución.
Existe una versión en la cual se le atribuye a dos exjugadores del equipo que salieron en malos términos con el presidente Cadena, el sacrificio de un gallo negro en Buenaventura, haciendo un entierro y rociando con la sangre del ave varios uniformes del club, según un jugador le manifestó en diciembre de 2010 a Jesús «Kiko» Barrios y al periodista Felipe Zarruk. Álvaro de Jesús Gómez. Finalmente, debido a los malos resultados deportivos y el ambiente hostil de periodistas y aficionados, Fernando Velasco y la junta directiva del equipo llegaron a un acuerdo de desvinculación contractual, lo cual se expresó a la opinión pública mediante un comunicado. Finalmente, la presión de gobernación, periodismo deportivo y aficionados obligó al dueño en ese entonces, Luis Fernando Yepes a vender el equipo a la familia Cadena Mora. Barrancabermeja debido a las obras de remodelación que para ese momento se realizaban en el Estadio Alfonso López, lo que junto con las malas relaciones entre el cuerpo técnico y el dueño del equipo porque el hijo de este no alineaba con el equipo titular, llevó a la renuncia del director técnico Nelson Reyes a mitad del torneo.