Durante el siglo XX y principios del siglo XXI, dentro del limitado mercado del fútbol uruguayo, que concentra muchos equipos en tan solo un departamento de poco más de un millón de habitantes, el de Montevideo, Cerro -junto con Rampla Juniors, Danubio, Defensor Sporting- era de las instituciones menores que mayor cantidad de público convocaba en los partidos que disputaba, muy lejos, claro está, de Peñarol y Nacional que acaparan la enorme mayoría de aficionados en el país. Cerro tiene como mayor rival a Rampla Juniors, con quién disputa el Clásico de la Villa desde hace muchos años, siendo uno de los dos clásicos históricos del fútbol uruguayo por detrás del Superclásico entre los equipos grandes del país. Hoy día Cerro no se distingue en su nivel de asistencia, como otrora, del resto de los cuadros menores, salvo en algunos partidos especiales como los encuentros por copas internacionales o enfrentamientos decisivos, muy puntuales, en el ámbito local.
Con tres triunfos logrados de forma consecutiva, la escuadra blanquiceleste parecía empezar a alejarse en la tabla del descenso para apuntar definitivamente a las copas internacionales, pero en las primeras tres fechas del Clausura no pudo ganar, cosechando un empate y dos derrotas, por lo que nuevamente se encontraba a dos puntos de los puestos de relegación. Con Santín al mando, Cerro debutó con triunfo de local ante River Plate (1:0), pero no pudo conseguir buenos resultados en lo que siguió del torneo y faltando cuatro fechas para finalizar el campeonato, los albicelestes se encontraban a tan solo tres puntos de los puestos de descenso. Héctor Burguez. Bajo la dirección técnica de Gustavo Ferreyra, Cerro terminó el primer torneo del año cosechando una victoria, futbol camisetas tres empates y una derrota. Previamente había participado en 1998 bajo el nombre de República Federal de Yugoslavia. Las temporadas 2006-07 y 2007-08, fueron las dos primeras campañas en las que el campeonato tuvo una denominación comercial, recibiendo el nombre de «Liga BBVA», tras el acuerdo de patrocinio entre la Liga Nacional de Fútbol Profesional y el banco del mismo nombre. Lleva su nombre en honor al exdirigente de Cerro Luis Tróccoli, quien fuera un destacado presidente del club.
Tres días después -el 25 de agosto de 1964- Cerro derrotó a San Lorenzo de Almagro por 4 a 2 en el propio Monumental Luis Tróccoli, habiendo convertido Cacaio en dos oportunidades, camiseta de futbol Paulo Silva Araujo y Eduardo Restivo. El Estadio Monumental Luis Tróccoli, conocido como Estadio Luis Tróccoli o simplemente «El Tróccoli», se ubica en la zona oeste de la ciudad de Montevideo, en las afueras del barrio Cerro. Para la temporada 2012/13, la administración de Jesús Samper eligió a Gustavo Siviero como técnico de la primera plantilla. Al cumplir años en el último mes del calendario, Cerro festejó su centenario cuando ya había terminado la temporada 2022 y conseguido el ascenso, por lo que este se desarrolló disputando el Campeonato Uruguayo de Primera División 2023, camiseta de futbol 2024 que se llamó justamente 100 años del Club Atlético Cerro en su reconocimiento. Sin embargo, no logró hacerse con un hueco en el equipo onubense y su contrato no fue renovado al finalizar la temporada. Sin embargo, Soria no pudo evitar de nuevo una sexta eliminación consecutiva del equipo nacional en eliminatorias mundialistas, ya que la selección quedó en el noveno lugar de la tabla de clasificación. El primer censo nacional (en 1869) arrojó un total de 1 737 000 habitantes.